В новом мире, оставшемся после Великой войны, изменилось все. В тени огромного города Залем, висящего в небе, раскинулся мегаполис, где люди живут посреди тонн мусора, сброшенного сверху. Здесь процветает преступность, здесь люди борются за существование, а биология и техника слились воедино. Добро пожаловать в Айрон сити!

Алита просыпается в мире, который не знает, не помнит, как появилась на свет, не помнит, кто ее создатели. Она – киборг, ее изувеченное тело нашел на свалке доктор Дайсон Идо. Он хочет защитить ее от прошлого, но с помощью своего нового друга Хьюго она пытается раскрыть тайну своего происхождения. Когда же на нее начинается охота, Алита выясняет, что обладает уникальными боевыми способностями, которые нужны могущественным властителям Айрон сити. И теперь Алита должна спасти не только своих друзей и новую семью, но и мир, который уже стал ей родным.