Действие романа происходит в Центральной Европе XVI века (в основном во Фландрии), расколотой религиозным конфликтом и сотрясаемой войнами. Главный герой — Зенон Лигр, алхимик, врач и естествоиспытатель.

Оригинальное название романа — Чёрная стадия (или Стадия чернения) — наименование первой и самой сложной ступени алхимического процесса — Великого делания. Суть Чёрной стадии заключается в «разделении и разложении субстанции» до состояния некой аморфной «чёрной массы» первоэлементов, в которой, как в изначальном хаосе, скрыты все потенции.

По словам автора, Чёрная стадия также символически обозначает попытки духа вырваться из плена привычных представлений, рутины и предрассудков.

Зенон проходит свою «чёрную стадию» на фоне ужасов Европы эпохи религиозных войн. Большинство персонажей романа гибнут мучительной смертью, часты описания жестокостей того времени. Своеобразной вставной новеллой в романе ярко и жёстко изображена деятельность "мюнстерского короля" Яна Лейденского и его приспешников, трагедия Мюнстера, павшего жертвой безумия фанатиков, и кровавый финал анабаптистской секты.